Ο Κώστας Χατζηπαναγιώτου παρακολούθησε πτυχιακές σπουδές στην Εφαρμοσμένη Γεωλογία και μεταπτυχιακά στη Διαχείριση Βιομηχανικών Αποβλήτων, την Εκτίμηση Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων και στη Διεύθυνση και Δημόσια Διοίκηση. Είναι διδάκτορας του Πανεπιστημίου Πατρών σε θέματα Διαχείρισης Παράκτιων Ζωνών και Γεωχημείας και Ελέγχου της Ρύπανσης Περιβάλλοντος. Είναι μέλος του ΕΤΕΚ, του Συνδέσμου Γεωλόγων και Μεταλλειολόγων και του International Association of Impact Assessment (IAIA) ενώ διετέλεσε Πρόεδρος του Συνδέσμου Επιστημόνων και Μηχανικών Περιβάλλοντος Κύπρου. Από το 1991 είναι στέλεχος του Τμήματος Περιβάλλοντος (πρώην Υπηρεσία Περιβάλλοντος), ενώ τον Μάρτιο του 2011 διορίστηκε από την Επιτροπή Δημόσιας Υπηρεσίας στη θέση του Διευθυντή Τμήματος Περιβάλλοντος. Από την 1η Ιουλίου 2023, ανέλαβε καθήκοντα Γενικού Διευθυντή στη νέα Γενική Διεύθυνση Περιβάλλοντος, στο Υπουργείο Γεωργίας, Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος.