Η αποστολή του Γενικού Λογιστηρίου της Δημοκρατίας είναι η επίβλεψη της νόμιμης και υπεύθυνης διαχείρισης των χρηματοοικονομικών λειτουργιών του Δημοσίου, υποστηρίζοντας τις διαδικασίες λήψης αποφάσεων και διασφαλίζοντας την αποτελεσματική εφαρμογή της οικονομικής και δημοσιονομικής πολιτικής, με γνώμονα το δημόσιο συμφέρον.
Οι κύριες αρμοδιότητες του Γενικού Λογιστηρίου της Δημοκρατίας είναι οι πιο κάτω:
• Η παροχή ενός σύγχρονου, ολοκληρωμένου και αποτελεσματικού πλαισίου, που να ενισχύσει την αξιοπιστία των χρηματοοικονομικών και λογιστικών συναλλαγών και τη χρηματοοικονομική πληροφόρηση του δημόσιου τομέα,
• Η προώθηση της χρηστής χρηματοοικονομικής διαχείρισης στο δημόσιο τομέα και
• Η διασφάλιση ενός αποτελεσματικού και διαφανούς συστήματος δημόσιων συμβάσεων, πλήρως εναρμονισμένου με το ευρωπαϊκό κεκτημένο.